生物信息平台简介

生物信息平台属于广东省中医院科研公共技术平台，平台以肠道微生态为切入，尝试对中医药科学内涵进行现代化阐释，主要采用肠道菌群宏基因组、舌苔菌群16Sr RNA、靶向与非靶向代谢组、时空转录组等多组学技术，整合临床-动物-体外-宿主样本与数据，旨在建立一套围绕中药、菌群与宿主互作的三位一体研究策略。平台配备有高性能集群，可开展宏基因组、代谢组、时空组等多组学数据的计算与挖掘，研究方向包括中医体质、证候理论研究肠道微生态研究，中药与菌群互作研究，消化道疾病、代谢性疾病、免疫性疾病等致病机制研究，积累了大量疾病与健康基线人群的多组学数据，并建立公共数据库。平台现有人员6人，其中高级职称1人，中级职称1人，初级职称4人，专业领域涵盖生物信息学、分子生物学相关技术人员。

1. 高性能计算平台
硬件参数：
高性能计算集群包含两个 2T 大内存节点和超大常规存储（500T＋500T＋100T）以及备份存储（200T＋50T），存储采用专业SAN存储架构，具备极致可靠性，提升存储性能，提供并行文件系统升级服务。搭配28个16核/32线程CPU等高配置计算节点，可以优异的性能最大限度地提升大数据分析，包括比对、组装、变异检测、关联分析等。已搭建宏基因组数据分析常见流程，包括业内通用的物种和功能定量分析流程biobakery，数据组装流程metaSPAdes，微生物多态位点分析流程StrainEst等。集群升级将可用3P容量，含52个计算节点，1个GPU节点，1个大内存节点，可保障数据分析流程的顺利进行。目前集群涵盖多组学研究、本草基因组研究、新药开发、高通量测序技术在临床中的应用等。
应用范围：
集群满足中大规模组学研究的高性能计算和存储，提供二代测序数据的分析与处理。围绕中医药与肠道微生态，搭建宏基因组、代谢组学、时空转录组等生物信息分析流程，开发分类模型和标志物鉴定等人工智能工具。并提供组学研究思路和技术策略定制和咨询。
平台提供规范统一的队列构建规范和样本采集流程和数据管理规范和数据结构标准化流程，促进数据的高度统一和高效利用，提供中医药与肠道菌群在临床、体内、体外、宿主本身“四位一体”的研究范式。

2. 宏基因组公共数据库
建立宏基因组公共数据库，目前数据库纳入15000例以上宏基因组二代测序数据，包括3000例自建数据与12000例以上开放数据，旨在为全院研究肠道菌群的科室公共对照数据。此外，依托省部共建中医湿证国家重点实验室队列随访计划，未来将持续纳入不少于3000例、随访5年以上、表型齐全、高质量的湿证自然人群宏基因组数据。用于可根据人口学基线条件，筛选所需要的样本与数据，并展示经统一流程处理的菌群特征分布结果。
除了数据展示与筛选，公共数据库还将开发生物信息云平台，具备宏基因组、16S、18S在线分析流程以及可视化工具。以便用户在线完成基本的微生物组数据分析任务。
此外，公共数据库还包含中药调节肠道菌群知识库，目前，已收集超过70种疾病，50多个复方，600多种单味药、100多种中药成分，涵盖300多种细菌、2000多种互作调节关系的知识图谱，方便用户在线查询疾病差异菌富集情况以及常见中药对菌群的调节关系。

公共数据库(https://www.gigaomics.com/database)

在线分析流程与可视化工具

中药与菌群知识库

人才团队

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